На плунжер при проведении работ, точно ничего не попало? Его вроде как нельзя даже пальцами трогать за рабочую часть.
Если бы сильно изменился момент впрыска (например, на 1-2 зуба по ГРМ), то запуск был бы либо с обратным ударом, либо вдогонку, независимо от температуры. Динамика конечно изменилась бы, но не сильно. Обычно это заметно на скорости, под нагрузкой, когда понятно, тянет машина или нет.
Вообще, метки на 2С надо выставлять по фэн-шую, при снятой железной крышке ремня. Все остальное сомнительно ИМХА.